在公司的分店发生了工伤，要赔偿时，仲裁分店

应仲裁公司，赔偿由所属单位负担。依据《工伤保险条例》，工伤赔偿由单位承担，未交保险也不例外。不及时处理可能导致赔偿纠纷，影响员工权益及公司声誉。
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仲裁公司。操作如下：1. 首先与分店沟通协商赔偿事宜；2. 若分店拒绝或无法协商，向公司总部提出正式赔偿要求；3. 如公司仍不处理，准备相关证据材料，向当地劳动仲裁部门提起仲裁申请；4. 依据《工伤保险条例》规定，要求公司承担应有的赔偿责任。
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常见处理方式为申请劳动仲裁。应先与单位协商，协商无果则向劳动仲裁部门申请仲裁，根据《工伤保险条例》要求赔偿。